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1.食物成分不當造成的便秘
造成寶寶便秘可能是攝入的食物成分不當造成的，如果食物當中含有大量蛋白質，但是碳水化合物不足，腸道菌群就會發生改變，腸內發酵過程少，大便就容易呈現堿性，變得干燥。而如果食物中含有的碳水化合物比較多，腸道發酵菌就會增多，發酵作用也隨之增加，呈現的酸性多，大便容易呈現酸性，所以大便的次數會增多而軟。而如果食入的脂肪和碳水化合物都高，那大便就會比較潤利。所以在日常生活中，如果給小兒進食大量的鈣化酪蛋白，會導致糞便中含有多量的不能溶解的鈣皂，糞便增多并且容易便秘。小兒偏食、不喜歡吃蔬菜，喜歡吃肉也容易因為纖維素太少而發生便秘。
2.飲食不足造成的便秘
嬰兒喝的母乳或奶制品中，如果奶中糖量不足會導致腸胃蠕動變弱，大便變得干燥。如果長時間飲食不足有可能會引起營養不良、腹肌和腸肌張力變低，甚至會發生萎縮，導致收縮力減弱，形成惡性循環，加重便秘。
3.腸道功能失常造成便秘
生活不規律或是缺乏按時大便的訓練，會導致未形成排便的條件反射，繼而導致便秘。學齡前兒童有可能會因為清晨無大便的情況，上課時間又不能隨時排便，經常憋住大便也是導致便秘的常見原因之一。而一些常用瀉劑或灌腸，缺少體力活動等也容易導致便秘。
小兒如有營養不良、佝僂病、高鈣血癥、皮肌炎、呆小病以及先天性肌無力等都會導致腸壁肌肉乏力，引起功能失常而便秘。除此之外，交感神經功能失常、腹肌軟弱或麻痹也常常會導致便秘，服用一些藥物也有可能會導致孩子腸蠕動減少而產生便秘，如抗膽堿能藥物、抗酸劑、某些抗驚厥藥、利尿劑和鐵劑等。
4.體格與生理異常導致便秘
小兒發生肛門裂、肛門狹窄、先天性巨結腸、脊柱裂或是腫瘤壓迫馬尾等都有可能會引起便秘。如果是這種情況的話，應該進行肛門指檢、下部脊柱和會陰部檢查等。也有一些小兒發生便秘是因為家族遺傳的關系。
5.精神因素導致便秘
小兒突然受到精神刺激、或是遭受環境和生活習慣的突變，這些都有可能會引起短時間的便秘。
